A Bangladesben élő habos zoonotikus vírus a transzmisszió és az együttfertőzés különböző mintáit tükrözi

Teljes cikk Számok és adatok Hivatkozások Idézetek Mérőszámok Licencek Újranyomatok és engedélyek PDF Absztrakt A Szimián habos vírusok (SFV) mindenütt jelen vannak a főemlősökben (NHP). Mint minden retrovírus esetében, az SFV reverz transzkripciója rekombinációhoz és mutációhoz vezet. Mivel kimutatták, hogy több ember fertőzött SFV-vel, mint bármely más majom által terjesztett vírussal, az SFV potenciálisan hatékony modell a vírusok virológiájának és epidemiológiájának tanulmányozására a humán/NHP határfelületen. Ázsiában az SFV valószínűleg a mindennapi élet során előforduló makákócsípés és karcolás révén kerül át az emberekre. Elemeztük az SFV gag génből származó több provirális szekvenciát emberből és makákóból is, hogy jellemezhessük a retrovírus átvitelt a bangladesi humán/NHP interfészen. Itt bizonyítékokat közlünk arról, hogy az embereket egyidejűleg több SFV -törzs is megfertőzheti, egyes egyedeket mind egy autochton SFV -törzs, mind az SFV -hez hasonló törzs fertőzött meg egy másik földrajzi terület makákóinál. Ezek az adatok a korábbi eredményekkel kombinálva azt sugallják, hogy mind a makákók ember által elősegített mozgása, amely az SFV nem-rezidens törzseinek betelepítéséhez, mind a retrovírus rekombinációja a makákókban hozzájárul az SFV diverzitásához az emberek között Bangladesben.Kulcsszavak: Bangladeshemerging fertőző betegségekretroviral recombinationszoonotic vírusimian foamy átvitel Bevezetés A habos vírusok (FV-k) a retrovírusok egy alcsaládja, amelyek széles körben elterjedtek gerinces gazdaszervezetekben, beleértve a főemlősöket, macskákat, teheneket és lovakat.1Meiering CD, Linial ML.A habos vírusok epidemiológiájának és fertőzésének történeti perspektívája. Clin Microbiol Rev2001; 14: 165–176. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Az FV-k ősi exogén vírusok, amelyek hatékonyan terjednek a gazdaszervezetek között, de nem ismert, hogy betegséget okoznak.2Switzer WM, Salemi M, Shanmugam Vet al. habos vírusok és főemlősök. Természet2005;434:376–380. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Bár a főemlősökben (NHP) csaknem mindenütt jelen van, a majom habos vírus (SFV) nem endemikus a Homo sapiensben. Az emberek SFV-vel való zoonózisos fertőzését korábban több országban és a fajok közötti érintkezés különböző összefüggéseiben észlelték, beleértve az NHP laboratóriumi és állatkerti dolgozóit Észak-Amerikában, a „majomtemplomban” dolgozókat, a kisállat-tulajdonosokat, valamint a dél- és délkeleti országokban szabadon tenyésző makákók körül élőket. Ázsia és bokorhús vadászok Közép-Afrikában. 3 Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-3/4 és habos retrovirusok emberekben: felfedezés, járványtan, fajok közötti átvitel és molekuláris virológia. Virology2013;435:187–199. [Crossref], [Google Scholar] A mai napig az SFP NHP-ről emberre történő átvitelét> 100 embernél dokumentálták, ami jóval több, mint a többi ismert NHP által hordozott retrovírus: a szimán immunhiányos vírus fajok közötti átvitelének száma. , simian retrovirus D vagy simian T-sejtes limfotróf vírus. 3 Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-3/4 és simian habos retrovírusok emberekben: felfedezés, járványtan, fajok közötti átvitel és molekuláris virológia . Virology2013;435:187–199. [Crossref], [Google Scholar],4Khabbaz RF, Heneine W, George JRet al.Infection of a labor worker with simian immunodeficiency virus. N Engl J Med1994;330:172–177. [Crossref], [Google Scholar],5Lerche NW, Switzer WM, Yee JLet al.A majom D típusú retrovírussal való fertőzésének bizonyítéka olyan személyeknél, akik foglalkozásszerűen nem humán főemlősöknek vannak kitéve. J Virol2001; 75: 1783–1789. [Crossref], [Google Scholar], 6Switzer WM, Bhullar V, Shanmugam Vet al. Gyakori habos vírusfertőzés olyan személyeknél, akik foglalkozási szempontból vannak kitéve főemlősöknek. J Virol2004; 78: 2780–2789. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar],7Kalish ML, Wolfe ND, Ndongmo CBet al.Majom immundeficiencia vírusnak kitett közép-afrikai vadászok. Emerg Infect Dis2005;11:1928–1930. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Tekintettel az SFV magas prevalenciájára az NHP-ben, valamint az emberek és az NHP közötti interfész sokféleségére és kiterjedésére, a becslések szerint a fertőzött egyedek száma globálisan elérheti a tízet. 8 Engel G, Hungerford LL, Jones-Engel Let al. Kockázatértékelés: modell a makákókból származó majom habos vírus fajok közötti átvitelének előrejelzésére (M. fascicularis) embereknek egy majom templomban Balin, Indonéziában. Am J Primatol2006; 68: 934–948. [Crossref], [Google Scholar], 9Switzer WM, Shaohua T, Ahuka-Mundeke Set al.Novel simian habos vírusfertőzés több majomfajból a Kongói Demokratikus Köztársaságból származó nőkben. Retrovirológia 2012; 9: 100. [Crossref], [Google Scholar] Ezenkívül az SFV -vel fertőzött emberek néhány longitudinális vizsgálata azt sugallja, hogy az SFV -t nem továbbítják egyik személyről a másikra. 10Boneva RS, Swiss WM, Spira TJet et al. habos vírusok. AIDS Res Hum Retroviruses2007; 23: 1330–1337. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Mint ilyen, az SFV zoonózisos átvitelét befolyásoló tényezők jellemzése nyújthatja a legjobb kortárs modellt annak megértéséhez, hogy egyes NHP-vírusok hogyan és miért képesek tartós emberfertőzést okozni. -humán átvitel.Csoportunk az elmúlt 6 év során Bangladesben tanulmányozta az emberek és az NHP közötti interfészt, a fertőző ágensek fajok közötti átvitelére összpontosítva.11Oberste MS, Feeroz MM, Maher Ket al.Characterizing the picornavirus landscape among synanthropic nem humán főemlősök Bangladesben, 2007–2008. J Virol2013;87:558–571. [Crossref], [Google Scholar],12Oberste MS, Feeroz MM, Maher Ket al.Naturally szerzett picornavirus fertőzések nem humán főemlősökben a dakai állatkertben. J Virol2013; 87: 572–580. [Crossref], [Google Scholar], 13Karlsson EA, Engel GA, Feeroz MMet al. Influenza vírusfertőzés nem főemlősöknél. Emerg Infect Dis2012; 18: 1672–1675. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Banglades a világ egyik legsűrűbben lakott országa, ahol számos városi terület található az NHP élőhelyeken belül vagy azok közelében. Számos NHP-taxon őshonos Bangladesben, a rhesus makákó (Macaca mulatta) a legtöbb és széles körben elterjedt. mérete és összetétele. Primate Conserv2013;26:115–124. [Crossref], [Google Scholar] Ahogy az erdei élőhelyek egyre fogy, a kicsi, ökológiailag rugalmas rhesus virágzik az ember által módosított élőhelyeken, különösen azokon a területeken, ahol a kulturális attitűdök ösztönzik a toleranciájukat.15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al.Population dynamics rhesus makákók és a hozzájuk tartozó habos vírusok száma Bangladesben. Emerg Microbes Infect2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Míg az emberek és a rhesus makákók közötti érintkezés elsősorban olyan közösségekben fordul elő, ahol a makákók szabadon élnek, előfordul ez olyan vallási szentélyekben is, amelyek a makákók menedékévé váltak, illetve a makákók kisállattartása révén. Emellett egy nomád nép, más néven Bade vagy Qalandar, évszázadok óta járja a régiót, és abból keresi a megélhetését, hogy képzett makákókkal rendez előadásokat. Afrikával ellentétben a majmok bokorhúsra való vadászata ritka Bangladesben, az őslakosokra korlátozódik a Mianmarral határos Chittagong Hill Tracts területeken.16 Chowdhury MSH, Halim M, Miah Met al. a Mro törzs a Chittagong Hill Tracts-ben, Bangladesben. Int J Biodiversity Sci Manage2007;3:56–62. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar]Az SFV NHP-ről emberre történő átvitele leggyakrabban harapás útján történik. Az SFV aktívan replikálódik a fertőzött majmok szájnyálkahártyájában, magas koncentrációt érve el a nyálban, ahol a genomiális és mRNS-ek könnyen kimutathatók.17Murray SM, Picker LJ, Axthelm MK, Linial ML. Kiterjesztett szöveti célpontok habos vírusreplikációhoz majom-immundeficiencia vírussal indukált immunszuppresszió. J Virol2006;80:663–670. [Crossref], [Google Scholar] Viszonylag keveset tudunk azonban arról, hogy a gazdaszervezet vagy a vírus jellemzői hogyan befolyásolják az SFV átvitelét. Még a súlyos harapások sem eredményeznek megbízhatóan fertőzést.9Switzer WM, Shaohua T, Ahuka-Mundeke Set al.Új simian foamy virus fertőzések több majomfajból nőknél a Kongói Demokratikus Köztársaságból. Retrovirológia2012;9:100. [Crossref], [Google Scholar] Ezzel szemben néhány dokumentált fertőzésben szenvedő ember nem emlékszik arra, hogy jelentős mértékben kitett volna NHP-nek vagy NHP-szövetnek. A zoonózisos SFV átvitelével és fertőzésével kapcsolatos egyéb fontos kérdések továbbra is megoldatlanok. Például, míg a provirális DNS -t évtizedek óta folyamatosan észlelik néhány SFV -vel fertőzött emberben; más egyedek antitesteket fejlesztenek ki az SFV ellen kimutatható provirális DNS nélkül.3Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-3/4 és majom habos retrovírusok emberben: felfedezés, epidemiológia, fajok közötti átvitel és molekuláris virológia. Virológia2013; 435: 187–199. [Crossref], [Google Scholar] Még nem derült ki, hogy egyes személyek megszüntetik -e a fertőzést, vagy bizonyos vírustörzsek képesek -e tartósabban fennállni. További kutatásokra van szükség annak megállapításához, hogy az SIV/HIV -hez hasonlóan, amelyben a retrovirális törzsek közötti rekombináció egy új gazdaszervezetben a pandémiás vírusok fejlődésének előfutára volt, bizonyíték van arra, hogy az SFV -k rekombinálódnak emberi gazdaszervezetekben. Kevés tanulmány készült annak meghatározására, hogy az SFV nyálban való koncentrációja befolyásolja -e a zoonózis átvitelét, vagy hogy az emberi immunválasz hogyan segíti elő vagy akadályozza meg a fertőzést vagy a folyamatos virémiát (Soliven et al. és Matsen et al., nem publikált). És bár a más földrajzi területeken és az ember és makákó kapcsolat más összefüggéseiben gyűjtött adatok betekintést nyújtottak abba, hogy a demográfiai változók, a makákók és az emberi viselkedés hogyan járulnak hozzá a makákó-ember elleni agresszió valószínűségéhez, viszonylag keveset tudunk arról, hogy ezek a változók hogyan befolyásolják a retrovírust. átvitel.18Fuentes A, Gamerl S.Az életkor/nem osztályok aránytalan részvétele a hosszúfarkú makákók (Macaca fascicularis) és az emberi turisták közötti agresszív interakciókban a Padangtegal majomerdőben, Balin, Indonéziában. Am J Primatol2005;66:197–204. [Crossref], [Google Scholar]Itt olyan adatokat mutatunk be, amelyek leírják a rhesus makákóknak való emberi expozíciót és az SFV-vel való fertőzést számos bangladesi helyszínen és a majomtulajdonosoknál. A legtöbb más tanulmány a pol gén (integráz) egy olyan régiójára összpontosított, amely erősen konzervált, és így előfordulhat, hogy nem fed fel egy faj fertőzött egyedeiben található SFV-variációt. Több klónt nyertünk teljes vérből, és szekvenáltuk az SFV gag gén egy részét, amelyet a pol helyett választottunk ki, hogy nagyobb SFV genetikai variációt tárjunk fel, és a szekvenciaadatokat felhasználtuk az emberben talált vírus és a makákókban talált vírus összehasonlítására, amelyekkel kölcsönhatásba lépnek. . Megmutatjuk, hogy az embereket egyidejűleg több SFV törzs is megfertőzheti; egyes egyedeket mind egy autochton (eredetük, ahol megtaláltak), akár más, földrajzi területekről származó makákókban található SFV -törzs is megfertőzött. Az életkor növekedése jelentős kockázati tényező volt az SFV emberben történő zoonózisos átvitelében. A női szex és a hindu vallás szintén fokozott kockázattal járhat. Ezeket az adatokat kombinálva korábbi eredményeinkkel15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al.Population dynamics of rhesus macaques and asssociated foamy virus in Banglades. Emerg mikrobák fertőzése2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] azt sugallják, hogy a makákók ember által elősegített mozgása, a több SFV-fertőzés és a retrovirális rekombináció mind hozzájárulnak a retrovirális sokféleséghez Bangladesben. ANYAGOK ÉS MÓDSZEREK Tanulmányi helyszínek és populációk helyszínek (Sylhet, Bormi, Dhamrai, Narayanganj és Charmaguria), valamint egy nomád csoporthoz tartozó 209 fellépő majomtulajdonos, akik képzett makákóikat bemutató előadásokat rendeznek. A közösségi helyszíneket 2007-ben hozták létre olyan helyeken, ahol a makákók szabadon elterjedtek, és ahol a lakosok hajlandóak voltak részt venni a fertőző ágensek fajok közötti átvitelének longitudinális kutatásában. Opcionális módon mintát vettünk a teljesítményt nyújtó majomtulajdonosokból, amikor találkoztunk velük a közösségi vizsgálóhelyeinkre vagy onnan. A Bangladesből származó majmok közötti SFV diverzitásának elemzését kísérő tanulmányunkban mutatjuk be.15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al.Population dynamics of rhesus macaques and asssociated foamy virus in Banglades. Emerg Microbes Infect2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] A tanulmányból származó adatok szintén részét képezik a jelen tanulmányban vizsgált makákó SFV-adatkészletnek. Itt bemutatjuk a tanulmányban szereplő terepi helyszínek rövid leírását (1. ábra). A bangladesi zoonózisos majom habos vírus változatos átviteli és társfertőzési mintákat tükröz. Minden szerző: Gregory A Engel, Christopher T Small, Khanh Soliven, Mostafa M Feeroz, Xiaoxing Wang, M Kamrul Hasan, Gunwha Oh, SM Rabiul Alam, Karen L Craig, Dana Jackson, Frederick A Matsen IV, Maxine L Linial és Lisa Jones-Engelhttps://doi.org/10.1038/emi.2013.60Online közzétéve: 25. január 2019. 1. ábra A zoonózissal fertőzött emberi alanyokban észlelt SFV-törzsek mintavételi helye és sokfélesége. Humán alanyokkal interjút készítettek és mintát vettek Banglades-szerte öt városi helyszínen, ahol a rhesus makákók szabadon éltek. Nemrégiben megmutattuk, hogy ezen helyek mindegyikén az SFV magtörzsei észlelhetők a makákókban. 15 Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. A rhesus makákók és a hozzájuk tartozó habos vírus populációdinamikája Bangladesben. Emerg mikrobák fertőzése2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] A rhesus SFV törzsek színkóddal vannak ellátva ezen a térképen. Az SFV-vel fertőzöttnek talált humán alanyok (jelölése „BGH”) esetében több klónt nyertünk teljes vérből, és szekvenáltuk az SFV gag gén egy részét. A szekvenciaadatokat arra használták, hogy összehasonlítsák az emberben talált vírust az adott helyről származó makákókkal. Az egyes BGH azonosítók melletti kör (ek) színe azt az SFV törzset jelöli, amelyet ezeknél az embereknél észleltek. Vegye figyelembe, hogy az alanyok közül négyet egyidejűleg több SFV-törzs fertőzött meg, és néhány egyed egy autochton (ahol megtalálható) SFV-törzs, valamint egy, a más földrajzi területekről származó makákókban található SFV-hez hasonló törzs is fertőzött. nks, nem ismert forrás.Teljes méret megjelenítése 1. ábra A zoonózissal fertőzött emberi alanyokban kimutatott SFV-törzsek mintavételi helye és sokfélesége. Humán alanyokkal interjút készítettek és mintát vettek Banglades-szerte öt városi helyszínen, ahol a rhesus makákók szabadon éltek. Nemrégiben megmutattuk, hogy ezen helyek mindegyikén az SFV magtörzsei észlelhetők a makákókban. 15 Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. A rhesus makákók és a hozzájuk tartozó habos vírus populációdinamikája Bangladesben. Emerg mikrobák fertőzése2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] A rhesus SFV törzsek színkóddal vannak ellátva ezen a térképen. Az SFV-vel fertőzöttnek talált humán alanyok (jelölése „BGH”) esetében több klónt nyertünk teljes vérből, és szekvenáltuk az SFV gag gén egy részét. A szekvenciaadatokat arra használták, hogy összehasonlítsák az emberben talált vírust az adott helyről származó makákókkal. Az egyes BGH azonosítók melletti kör (ek) színe azt az SFV törzset jelöli, amelyet ezeknél az embereknél észleltek. Vegye figyelembe, hogy az alanyok közül négyet egyidejűleg több SFV-törzs fertőzött meg, és néhány egyed egy autochton (ahol megtalálható) SFV-törzs, valamint egy, a más földrajzi területekről származó makákókban található SFV-hez hasonló törzs is fertőzött. nks, nem ismert forrás.SylhetAz ország északkeleti részén, az indiai Assam tartomány határától 35 km-re található Sylhet Banglades harmadik legnagyobb városa. A város központjában található Shah Jalal szentélyben körülbelül 125 makákó lakossága található. Sylhet makákói a szentély felett és a közvetlenül szomszédos környéken találhatók. Shah Jalal makákóit a szentély személyzete rendszeresen ellátja, és gyakran kapnak ételt a szentély látogatóitól. Tizennégy ember vett részt a vizsgálatban, akik a szentély közelében élnek.BormiBormi városában, mintegy 50 km-re északra Dakkától, több mint 200 rhesus makákó él a faluban, szabadon mozogva hindu és muszlim területek között, és gyakran keresgélve lépnek be otthonukba. élelmiszer. Bár néhány bormi lakos alkalmanként ételt kínál a makákóknak, nincs szervezett ellátás. Összesen 105 ember vett részt Bormiból ebben a vizsgálatban.DhamraiDhamrai városa Bormitól 40 km-re délnyugatra található. Körülbelül 75–100 makákó mozog szabadon Dhamraiban. A makákók kedvelik a nagy árnyékkal és gyümölcsfákkal rendelkező területeket, amelyek gyakrabban fordulnak elő a hindu városrészekben. Mint Bormiban, a makákók szervezett ellátása sincs. Kilenc Dhamrai -i alany került ebbe az adatkészletbe. Narayanganj A rhesus makákó populációja ezen a területen tovább csökken, mivel a városfejlesztés kiszorítja a zöldfelületeket. Ebben a városban a becslések szerint 60 makákó nincs ellátva, és nincsenek jól megszokva az emberekhez. Harminchat Narayanganjból származó ember vett részt a vizsgálatban.CharmaguriaCharmaguria Dakkától 150 km-re délre/délnyugatra található a Padma folyó mentén. A> 200 makákót ezen a területen egy helyi szervezet látja el központi helyen, és a kis zöldváros bőséges zöldterületei természetes folyosókat biztosítanak, amelyek mentén az állatok széles körben terjednek. A Charmaguriából 23055 ember vett részt a vizsgálatban. A toborzást, a tájékoztatáson alapuló beleegyezést és a mintavételi protokollokat, beleértve az SFV-pozitív személyek nyomon követését, jóváhagyta a Washingtoni Egyetem Humán alanyok Felülvizsgáló Bizottsága (XNUMX) és egy hasonló felülvizsgálati bizottság Jahangirnagar Egyetem, Banglades. Az emberi alanyoktól származó biológiai és demográfiai adatokat egyedi, névtelen azonosítókkal kódolták, amelyek „BanGladesh Human” (BGH) kezdetűek. A bangladesi csapattagok minden közösségi oldalon kapcsolatba léptek a környék vezetőivel, és azonosítottak egy központi helyet a makákók körében az adatgyűjtéshez. A bangladesi csapattagok ezután partnerségben éltek a közösség lakóival, és gyalog legyeztek, és olyan személyek részvételét kérték, akik makakok által megharaptak vagy megsérültek. Az alanyok felvételi kritériumai között szerepelt a 18 év feletti életkor, az önbevallásuk szerint az NHP-nek való kitettség és/vagy a hosszú távú (>20 év) falusi tartózkodás. Minden alanytól írásbeli tájékozott beleegyezést kapott. A demográfiai adatokat és az NHP-expozíciót leíró adatokat egy csapattag által a helyi nyelven, bengáli nyelven kitöltött kérdőív segítségével szereztük be. Tíz milliliter teljes vért vettünk minden alany antecubitalis vénájából egy etilén-diamin-tetraecetsavat tartalmazó csőbe, jégen tároltuk legfeljebb 12 órán át, majd centrifugáltuk. A teljes vér és plazma alikvot részeket –80 °C-on tároltuk az elemzésig. Whatman Sterile Omni tamponokat (Whatman, Piscataway, NJ, USA) használtunk a szájnyálkahártya-minták gyűjtésére. A tamponokat azonnal 500 µL Qiagen -puffer RLT -be (Qiagen, Valencia, CA, USA) helyeztük, legfeljebb 12 órán keresztül jégre hűtöttük, majd –80 ° C -on lefagyasztottuk az elemzésig. Ezek a módszerek lényegében megegyeznek azokkal, amelyeket a makákókból származó biológiai minták beszerzésére és tárolására használtunk.15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al.Population dynamics of rhesus macaques and associated foamy virus in Bangladesh. Emerg Microbes Infect2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar]A megerősített SFV-pozitív emberek ismételt mintavételeHa egy humán alanyról polimeráz láncreakcióval (PCR) igazolták, hogy SFV-pozitív, a kutatócsoport körülbelül 1 évvel az első mintavétel után megpróbálta felvenni a kapcsolatot és újra mintavételezni az alanyot. . Az SFV-pozitív alanyok követéses mintavételéhez használt biológiai mintavételi protokollok ugyanazok, mint a kezdeti mintavétel során. Ezenkívül az SFV-pozitív alanyok rövid fizikális vizsgálatot kaptak, és mélyreható kórtörténetet gyűjtöttek.Rhesus macaque mintavételA projekthez kapcsolódó kéziratunk15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al.Population dynamics of rhesus macaques and asssociated foamy virus in Banglades. Emerg Microbes Infect2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], a [Google Scholar] biztosítja az összes állatmintavételi és laboratóriumi protokollt. Összesen 184 rhesus makákóból származó SFV gag szekvenciák szerepelnek ebben a tanulmányban (2. ábra). Ebbe az adatkészletbe belefoglaljuk azokat a sorozatokat is, amelyek négy rhesusból, kettő Dhamrai -ból és kettő Bormiból származnak, amelyeket két évvel a kezdeti mintavétel után tudtunk újra mintavételezni. Bangladesben a zoonotikus simian habos vírus az átvitel és az együttfertőzés különböző mintáit tükrözi Minden szerző: Gregory A Engel, Christopher T Small, Khanh Soliven, Mostafa M Feeroz, Xiaoxing Wang, M Kamrul Hasan, Gunwha Oh, SM Rabiul Alam, Karen L Craig, Dana L Jackson, Frederick A Matsen IV, Maxine L Linial és Lisa Jones-Engel Minden majom esetében a majmok mintavételi populációjának megfelelő színsáv látható az (A)-ban, és a (B)-ben látható, a majom vérmintájában megfigyelt törzseknek megfelelő színes lapok. A nem magtörzseket a szülői törzsekkel megállapított rekombináns kapcsolatok alapján jelöljük. A pozitív egyezéseket legalább 90%-os valószínűséggel határozzák meg 200 vagy több összefüggő bázispár esetén a cBrother elemzésben. A genom azon régiói, amelyek legalább 200 nt alatt nem értek el szülői törzseket e küszöb felett, nks -ként kerültek megjelölésre (nincs ismert forrás). Ez a tanulmány kísérő dokumentumából származó ábra egyszerűsített változata, 15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. A rhesus makákók és a hozzájuk tartozó habos vírus populációdinamikája Bangladesben. Emerg Microbes Infect2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar], de frissített törzsosztályozással. Teljes méret megjelenítése 2. ábra A mintavételi populációkból származó majmok vértörzsének osztályozása. Minden majom esetében a majmok mintavételi populációjának megfelelő színsáv látható az (A)-ban, és a (B)-ben látható, a majom vérmintájában megfigyelt törzseknek megfelelő színes lapok. A nem magtörzseket a szülői törzsekkel megállapított rekombináns kapcsolatok alapján jelöljük. A pozitív egyezéseket legalább 90%-os valószínűséggel határozzák meg 200 vagy több összefüggő bázispár esetén a cBrother elemzésben. A genom azon régiói, amelyek legalább 200 nt alatt nem értek el szülői törzseket e küszöb felett, nks -ként kerültek megjelölésre (nincs ismert forrás). Ez a tanulmány kísérő dokumentumából származó ábra egyszerűsített változata, 15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. A rhesus makákók és a hozzájuk tartozó habos vírus populációdinamikája Bangladesben. Emerg mikrobák fertőzése2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar], de frissített törzsosztályozással.SFV észlelés Western blotRhesus macaque fibroblast Telo-RF sejtvonal19Kirchoff V, Wong S, St JS, Pari GS a rhesus rhadinovírus (RRV) növekedése. Arch Virol2002;147:321–333. [Crossref], [Google Scholar] SFV M-vel fertőződött meg. mulatta vagy M. fascicularis, vagy nem fertőzött. 48 óra elteltével a sejteket 1x nátrium-dodecil-szulfát mintapufferben (50 mM Tris-HCl (pH 6.8), 10% glicerin, 2% nátrium-dodecil-szulfát, 5% 2-merkaptoetanol, 0.01% brómfenolkék) lizáltuk. 10% -os poliakrilamid géleken keresztül troforáljuk. A fehérjék polivinilidén-difluorid membránokra (Millipore Billerica, MA, USA) történő átvitele után a membránokat foszfáttal pufferolt sóoldatban + 0.05% Tween-20-ban blokkoltuk, amely 2% zsírmentes száraz tejet tartalmazott, majd vízzel öblítettük, majd száradni hagytuk. Csíkokat készítettünk, amelyek mindegyike három sávot tartalmazott (molekulatömeg-marker, nem fertőzött Telo-RF és fertőzött Telo-RF sejtlizátumok), és primer antitestet (humán plazma) adtak hozzá 1-20 hígításban, és egy éjszakán át 4 ° C-on inkubálták. A csíkokat háromszor mostuk foszfáttal pufferolt sóoldatban + 0.05% Tween-20-ban, majd másodlagos kecske anti-humán torma-peroxidázt (Thermo Scientific és GE Healthcare Rochester, NY, USA) adtunk hozzá 1∶5000 hígításban 1 órán át szobahőmérsékleten. . A csíkokat még háromszor mostuk, mielőtt vízzel leöblítették, és 3,3',5,5'-tetrametilbenzidinnel stabilizált szubsztrátot vittek fel a torma-peroxidázhoz (Promega Madision, WI, USA) a sávok megjelenítéséhez. Plasma from BGH4, a ismert SFV pozitív humán20Jones-Engel L, May CC, Engel GAet al.Diverse contexts of zoonotic transfer of simian foamy viruses in Asia. Emerg Infect Dis2008; 14: 1200–1208. Pozitív kontrollként [Crossref], [Google Scholar] -ot használtunk.DNS -izolálás teljes vérbőlA teljes genomiális DNS -t az emberek teljes véréből extraháltuk a QIAamp DNS vér mini készlet (Qiagen) segítségével, a gyártó protokollja szerint. DNS-t vontunk ki 200 µl teljes vérből. A tisztított DNS -t 200 µl AE pufferben eluáltuk. A gag és pol fragmensek PCR amplifikációja genomiális DNS -ből Összesen 15 µl izolált DNS -t használtunk a gag vagy pol fragmensek PCR amplifikációjára kétkörös PCR -rel. Az első körös PCR multiplex reakció volt gag és pol primerekkel (primer szekvencia: G1 (+) (nt 114–134, SFV1 GeneBank szekvencia NC_001364 NC_001736) 5′-AGG ATG GTG GGG ACC AGC TA-3′; (−) (nt 2–1451) 1433′-CAG GAA GAG GTA CTC GGG G-5′; P3 (+) (nt 1–5179) 5200′-GCC ACC CAA GGA AGT TAT GTG G-5′; P3 ( −) (nt 2–5768) 5749′-GCT GCC CCT TGG TCA GAG TG)-5′. A reakciókat 95 ° C -on 3 percig denaturáltuk, majd két ciklus 95 ° C -on 30 másodpercig, 38 ° C -on 1 percig, 72 ° C -on 1 percig, majd 25 ciklus 95 ° C -on 30 másodpercig , 52 ° C 1 percig és 72 ° C 1 percig. Negatív kontrollként vizet használtunk. 2 µl PCR-terméket használtunk templátként a második körös PCR-hez. Vagy gag vagy pol primerek (G3 (+) (nt 190–212) 5′-CAA CCT AGA TGG AGA GCT GAA GG-3′; G4 (-) (nt 1425–1406) 5′-GGG GAC AAA CTA CGG CTG GG-3′; P5 (+) (nt 5339–5361) 5′-TAA TCC TCC AGG GTA TCC AAA A-3′; P6 (-) (nt 5728–5707) 5′-ATA CCA TCG ACT ACT ACA AGG A-3') használtuk az egyes fragmensek amplifikálására. A reakcióelegyeket 95 °C-on 3 percig denaturáltuk, majd 35 ciklus 95 °C-on 30 másodpercig, 52 °C-on 1 percig és 72 °C-on 1 percig. A gag és a pol PCR termékek várható mérete 1235 bps, illetve 390 bps. Gag fragmentumok klónozása és szekvenálása Az FV PCR termékeket QIAquick gél extraháló készlet (Qiagen) alkalmazásával gélen tisztították, a gyártó protokollja szerint. A tisztított fragmentumokat TOPO-TA klónozó vektorba (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) ligáltuk, és Escherichia coli TOP10 kompetens sejtekbe (Invitrogen) transzformáltuk. Minden egyes gag mintához több egyedi telepet választottunk ki, és a plazmid DNS -t tisztítottuk és szekvenáltuk. A szekvenálást M13 előre és fordított primerekkel, valamint belső előre és fordított primerekkel végezte a gag számára a Washingtoni Egyetem Genomics Facility vagy a GeneWiz Inc. (Seattle, Washington, USA). A vírustörzseket kisbetűkkel jelöljük, hogy megkülönböztessük őket azoktól a földrajzi helyektől, ahol az emberektől vagy makákóktól mintát vettek (pl. Dhamrai egy olyan vizsgálati hely, ahol a dhamrai törzs törzsét észlelték.) RNS izolálása bukkális tamponokból Fagyasztott bukkális tampon minták RLT pufferben (Qiagen) 37 °C-on 15 percig 40 U RNaseOUT ribonukleáz inhibitorral (Invitrogen) és 1 U RNáz-mentes DNáz I-gyel (Promega) közvetlenül az RNS extrakció előtt felengedtük. A teljes RNS-t a standard protokoll szerint extraháltuk az RNeasy Mini Kit (Qiagen) segítségével. Az RNS-t ismét 40 egység RNázOUT-tal és 1 egység RNáz-mentes DNáz I-vel kezeltük 37 ° C-on 1 órán át. A mintákat ezután 65 °C-on 15 percig inkubáltuk az enzimek inaktiválására. Az RNS-t –20 °C-on tároltuk a későbbi felhasználáshoz. A bukkális tampon reverz transzkripciós-PCR-je (RT-PCR) Az RNART-PCR-t a részleges gag-szekvenciák (1235 bp) klónozására végeztük a bukkális tampont RNS-éből. Az első cDNS-szálat Thermoscript RT-PCR rendszerrel (Invitrogen) szintetizáltuk a gyártó protokollja szerint Oligo(dT)18 primer alkalmazásával. Az RT reakciókat 85 °C-on 5 percig inaktiváltuk. A kapott cDNS-eket templátként használták fel két körös PCR-hez, amint azt fentebb a teljes vér FV gag amplifikációjához leírtuk. Elemzés Klaszterezési módszerek és hipermutációs analízis Az ebben a vizsgálatban vizsgált szekvenciák az APOBEC3 által közvetített hipermutáció bizonyítékát mutatták. Ennek a tevékenységnek az alapos elemzését Matsen et al. (kiadatlan). Ez az elemzés feltételezhetően hipermutációs negatív szekvencia-illesztéseket eredményezett a hipermutációra gyanított oszlopok eltávolításával. Ezeket az igazításokat használtuk a tanulmány további elemzései során, hogy elkerüljük a hipermutáció és a valódi filogenetikai jel összekeverését. Filogenetikai elemzések A feltételezetten hipermutáció-mentes igazításból filogenetikai fát állítottunk fel a FastTree 2.1.7.21Price MN.DPAAP FastTree: nagy minimális evolúciós fák számítása profilokkal a távolságmátrix helyett. Mol Biol Evol2009;26:1641–1650. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar], 22Price MN, Dehal PS, Arkin AP.FastTree 2-körülbelül a legnagyobb valószínűségű fák nagy igazításokhoz. PLoS ONE2010;5:e9490. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Ezt a fát az Archeopteryx (https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx) segítségével vizualizáltuk. Ugyanebből az igazításból, SplitsTree 4.12.823Huson DH, Bryant D.A filogenetikai hálózatok alkalmazása az evolúciós vizsgálatokban. Mol Biol Evol. 2006; 23: 254–267. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] használták a felosztási hálózat létrehozásához. TörzsanalízisA törzseket a hipermutáció-negatív igazítás áthaladásával azonosítottuk egy iteratív újrafelosztó fürtözési algoritmuson keresztül. Megállapítást nyert, hogy az UCLUST v1.124Edgar RC.Search és a fürtözés egyetlen alkalmazása nagyságrendekkel gyorsabb, mint a BLAST. Bioinformatika2010;26:2460–2461. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] gyenge klaszterezési eredményeket produkált az algoritmus mohó jellege miatt. Az UCLUST szerzője által a http://drive5.com/usearch/manual/recenter.html címen javasolt iteratív recentering algoritmust implementáltak, amely jól kezelte ezt a problémát. A klaszterezés minden egyes körében az előző kör konszenzusszekvenciáit hozzáadtuk egy rés nélküli igazítás tetejéhez, a klaszter méretének sorrendjében a legnagyobbtól a legkisebbig. Ehhez az iterációhoz a klaszterezést a cluster_smallmem segítségével hajtottuk végre, új konszenzus szekvenciákat és klasztereket hozva létre. Ezt a folyamatot kétszer megismételtük. A klaszter-hozzárendeléseket tovább finomította egy szkript, amely megtalálta az egyes klaszterek valódi súlypontját, amint azt a minimális átlagos normalizált Hamming-távolsággal rendelkező szekvencia határozza meg a klaszterben lévő összes többi szekvenciához képest. A szkriptet ezután ellenőriztük, hogy megbizonyosodjon arról, hogy minden szekvencia ahhoz a súlyponthoz csoportosul, amelyhez a legközelebb volt (ismét, ahogy azt a normalizált Hamming-távolság határozza meg), szükség szerint átcsoportosításokat végezve. Ezt az iteratív algoritmust 97.77%-os küszöbértékkel alkalmaztuk. Ez a küszöb, bár valamivel magasabb, mint a társvizsgálatunkban,15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al.Population dynamics of rhesus macaques and associated foamy virus in Banglades. Emerg Microbes Infect2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], a [Google Scholar] jobban tükrözi a szekvencia sokszínűségének valamivel alacsonyabb mértékét a hipermutációval gyanús oszlopok eltávolítása miatt. Mint fentebb említettük, a vírustörzseket kisbetűkkel jelöljük, hogy megkülönböztessük őket azoktól a földrajzi helyektől, ahol az emberekből vagy makákókból mintát vettek (pl. Dhamrai egy olyan vizsgálati hely, ahol elsősorban a dhamrai törzs törzset találták.) Statisztikai módszerek A demográfiai változók statisztikai elemzése a JMP (SAS Institute, Cary, NC, USA) statisztikai szoftvercsomag használatával hajtották végre; a kontingenciatáblázatok elemzése az R fisher.teszt funkcióval történt.25 R Core Team. R: Nyelv és környezet a statisztikai számításhoz. Vienna: R Foundation for Statistical Computing, 2012. [Google Scholar]EREDMÉNYEKDemográfiai adatok, beleértve az NHP-expozíciókat Egy 5 éves periódusban, 2007–2011 között 222 embertől gyűjtöttek biológiai mintákat.

Hagyjon üzenetet 

Üzenetlista